有专家表示，目前的国家储备体系还遗留了部分计划经济的思维特征，因而在进行吞吐调节的一些时候并未科学研究市场走势，没有按照商品价格的周期规律来进行运作。虽然决策部门在对市场调节之前也会面向企业进行咨询，听取企业的意见，但如何排除一些企业短视行为带来的干扰、避免付出额外代价又是难题。

　　中国社科院研究员盛逖对此深有感触。他举例说，2011年我国进口石油2.54亿吨，进口金额1966.64亿美元，平均折算为103美元/桶。而2011年，纽约原油期价波动范围在74.95美元/桶至114.83美元/桶。显然，我们基本都是在油价高企的时候购买，储备成本高昂。由于缺乏油源，民间大量油库等储油设施闲置严重，且每年需花费高昂的维护、管理费用。中国目前拥有8万余家民营石油企业，“家底”超过万亿资产，总储油量可达2亿吨以上，但得到充分利用的库存容量仅为几十万吨；拥有储油能力达10万吨以上的油库至少有10座，却基本处于闲置状态。

　　程小勇说，作为一项非市场化手段，政府商业性收储短期可能吸收过剩的供应，但从长远来看，市场自我调节的功能可能失效，不利于行业健康发展。如果在经济困难期启动收储，变相削弱了行业减产动力，存货被收储之后，会刺激企业进一步加大生产甚至新建产能，加剧市场过剩，导致全行业利润持续下滑，行业萧条难以避免。

　　多年从事农产品期货交易的永安期货研发总监隋东明表示，粮食、食用油、棉花等农产品已完全市场化，消峰平谷应更多依赖市场行为。玉米价格低，国家通过收储稳定价格，种植业受益，但养殖业受影响；养殖业得到补贴，对玉米需求上升，加之玉米价格受保护，种植面积就会增加，又导致其它农产品产量下降，价格上涨，国家又要抛储保供和平抑其它农产品的价格。不仅储备成本大幅上升，而且需要补贴的对象、储备的品种日益增加。直接的结果就是调控日益频繁，而且效果不一定好。

　　国家粮食科学院一知名专家认为，国家采取最低收购价等措施调控市场，保护农民利益。这一措施对于玉米等市场对外开放程度有限的品种效果较为明显，但对已充分国际化的大豆而言，在面临来自国内外多重因素影响的情况下，调控政策需要一定针对性和灵活性。

　　此外，储备主体较为单一也值得商榷。哈尔滨国家粮食交易中心副主任郝大军说，“国储粮食拍卖对于维护市场稳定的帮助很大，但在现实中遇到了一些情况，如中储粮作为独家的大卖方，他们在合同条款和具体定价的过程中话语权最大。下游企业想买可以，不买就只能断粮。虽然这只是个别地方的个别情况，但却多少折射了现状的瑕疵。”